Saya mencoba melakukan pemilihan fitur dengan ANOVA di R. Saat ini saya memiliki matriks besar (bernama expressionMarix) tempat profil ekspresi saya disimpan dan sebuah faktor (bernama Label) di mana 4 jenis penyakit diwakili. expressionMatrix terlihat seperti ini:

           1007_s_at    1053_at     117_at    121_at   1255_g_at
GSM1304852  2.394537 0.10510845 -0.4597124 0.9333566 -0.23991384
GSM1304853  2.275184 0.06160802 -0.5231035 1.1318090  0.10112324
GSM1304854  2.161163 0.34217618 -0.4436059 0.9975700 -0.04087979
GSM1304855  1.964183 0.35939157 -0.6370277 1.0079778 -0.21851374
GSM1304856  2.132253 0.22356958 -0.3511470 0.9720455 -0.29917857

Dimana kolom adalah gen dan baris adalah sampel.

Apakah ada paket yang memungkinkan saya memilih kolom yang relevan menggunakan ANOVA? Kode saya saat ini terlihat seperti ini:

modelAnova <- aov(expressionMatrix ~ Labels)
sumAnova <- summary(modelAnova)
pValList <- list()
i = 1
while(i < dim(Mstriat)[1]){
  print(i)
  pValList[i] <- sumAnova[[i]][["Pr(>F)"]][1]
  i <- i+1
}
keepers<-which(cValList<0.05)

Tetapi for loop benar-benar memakan waktu. Apakah ada metode yang lebih efisien?

0
Giuseppe Minardi 31 Maret 2019, 20:45

1 menjawab

Jawaban Terbaik


tanpa output dput(expressionMarix) dan dput(Labels), agak sulit untuk memberikan jawaban yang sempurna, namun, saya menghadapi masalah yang sama dengan model lain, dan itu banyak membantu fungsi broom::tidy(). Idenya adalah untuk mengubah model dalam data.frame, lalu subset hanya baris dengan p.value yang diinginkan, yaitu kolom sekarang:

library(broom)
# this is going to put in a data.frame the output of the model
inline <- tidy(modelAnova)

# here you filter the p.value <= 0.05
inline[!is.na(inline$p.value <= 0.05),]
2
s__ 31 Maret 2019, 21:50